С 2001 года старый Нанхчульский тоннель, расположенный на одном из наиболее грузонапряженных участков Абаканского отделения, находился на реконструкции. Ремонт возведенному еще в 1957 году сооружению потребовался после разрушения его обделки из-за воздействия низких температур.
Оценив степень аварийности, было решено строить новое сооружение, а затем капитально реконструировать старое. Во время работ была ликвидирована негабаритность 2,4-километрового тоннеля, отменено действовавшее ранее ограничение скорости до 25 км/ч. Кроме того, рядом с сооружением проложили водоотводную штольню, а водоотводные лотки теперь будут обогреваться. Так что ни влага, ни низкие температуры сооружению не повредят.
Возведение нового и ремонт старого строения проводились в целях увеличения пропускной способности Абаканского отделения. До завершения реконструкции тоннеля через Нанхчульский тоннельный комплекс проходило 25 пар поездов в сутки, с открытием движения в старом тоннеле – 32 пары.